Sinode GKA terdiri dari 18 gereja anggota yang tergabung di dalamnya.
- GKA Trinitas, Surabaya
- GKA Gloria, Surabaya
- GKA Zion, Denpasar
- GKA Anugerah, Probolinggo
- GKA Anugerah, Tulungagung
- GKA Elyon, Surabaya
- GKA Cengkong, Tuban
- GKA Immanuel, Lawang
- GKA Immanuel, Malang
- GKA Zion, Jombang
- GKA Shalom, Banyuwangi
- GKA Abdi Sabda, Solo
- GKA Kebenaran, Solo
- GKA Gracia, Surabaya
- GKA Sabda Mulia, Wlingi
- GKA Hosana, Trenggalek
- GKA Agape, Surabaya
- GKA Shalom, Blitar